在集约化养殖环境中，甲鱼生长速度快，抗病力较差，易导致疾病的发生。中草药既可用于预防疾病、保健、促生长，也可与抗生素结合使用于疾病的治疗；且中药产品往往无药残、无耐药性。
    中草药在甲鱼养殖过程中的应用通常以防为主，经常使用的中药及其功效如下：
    （1）大黄：泻热通肠、凉血解毒，可用于治疗甲鱼消化道出血、出血性坏死性肠炎等。
    （2）板蓝根：清热、解毒、凉血、广谱抗菌，可用于甲鱼白底板病爆发初期。
    （3）淫羊藿：补肾阳、强筋骨、祛风湿，可用于甲鱼白底板病中后期。
    （4）黄芪：补气固表、利尿托毒、排脓、敛疮生肌，可用于甲鱼出血症。
    （5）远志：镇静安神、清热解毒，可用于防治甲鱼相互抓咬而诱发腐皮病和疥疮。
    （6）穿心莲：清热解毒、凉血、消肿、燥湿，可杀菌、抗病毒、提高白细胞对细菌的吞噬能力。
    （7）甘草：补脾益气、清热解毒、调和诸药，可用于脾胃虚弱，并可缓解药物毒性、烈性。
    （8）党参：补中益气、健脾益肺，在疾病防治后恢复期可起到保护肝脏的作用。
    中药产品的优良效果与其无药残、无耐药性的特点早已被大家熟识，而中药加工工艺的改进则对提高中药产品的药效起到了举足轻重的作用。
    中药超微粉碎技术是近年来国内外发展非常迅速的一项新技术，是中药现代化发展的重要方向之一，它利用机械或流体动力的途径将直径为3毫米以上的中药粉体粉碎至10～25微米，从而使中药具有良好的溶解性、分散性、吸附性和化学反应活性，使药效提高而副作用减少。